Ich hab schon ein paarmal mit einem Edding Markierungen am Filament gemacht. Als das Stückchen gedruckt wurde sah es auch so aus, als ob es andersfarbiges Filament war. Könnte mir also vorstellen, dass es funktioniert.
Je nachdem was es für Farbe ist und wie große die Partikel der Farbe sind könnte es aber entweder die Düse verstopfen, oder den Durchmesser des Filaments erhöhen, was zu erhöter Reibung führen kann.
Man kann auch nach dem Druck die Objekte noch mit Farbe einsprühen und anmalen. Acryllack soll gut gehen hab ich gelesen.