Der Luftdruck ändert sich dauernd. Noch dazu haben Temperatur und Sonneneinstrahlung Einfluss auf die Werte. Es ist also ganz normal, dass diese sich verändern.
Das ist aber nicht weiter schlimm, da für Höhe halten ja immer nur das Delta genommen wird, also die Werte seit der letzten Messung verglichen werden. Schau dir mal die Änderungen von einer Sekunde zur nächsten an, die sollten eigentlich quasi 0 sein.
Ist übrigens in der manntragenden Segelfliegerei genauso. Beim Starten wird der Höhenmesser genullt, beim Landen hast du da nach 20min Flug gerne mal 20m oder mehr Höhenunterschied drin.