Nur zur Info, falls mal jemand das gleiche Problem hat:
Es funktioniert nun. Was habe ich gemacht? Naja, ein paar verzweifelte Versuche halt.
Zuerst habe ich meinen FTDI Adapter geändert. Ich habe einen 3,3V Adapter. Den habe ich auf 5V umgebaut.
Das war aber nicht die Lösung, weil der Adapter hat ja funktioniert, also Sketch konnte aufgespielt werden und die Config Software hat damit auch Daten ausgelesen.
Nachdem ich eh nichts mehr habe, wo ich die 3,3V brauche, habe ich das bei der Gelegenheit gleich gemacht.
Jedenfalls hat sich erwartungsgemäß dadurch nichts geändert.
Dann bin ich heute beim Stöbern im Forum zufällig auf einen Beitrag gestoßen, wo jemand schrieb, dass er beim Modellwechsel vorher den clear eeprom sketch uploaden musste, damit alles funktioniert. In meiner Verzweiflung habe ich das dann auch mal gemacht. Habe mir davon zwar nichts erwartet, aber einen Versuch war es wert. Danach den 1.9er sketch neu aufgespielt und siehe da, auf einmal funktioniert alles. Auch rudder und pitch Kanäle werden korrekt erkannt und ausgegeben.
Jetzt kann ich endlich weiter machen. Möchte die Platine mal auf dem Hexakopter ausprobieren, weil der eh schon lange herum steht und auf das APM wartet, welches nun endlich mal unterwegs ist. Sollte dann diese oder Anfang nächste Woche da sein. Bis dahin spiele ich mal mit dem Mutliwiiboard am Hexa und danach wandert es vermutlich auf den Quadrokopter und ersetzt da das AQ50D Pro, welches ich dann für ein anderes Projekt bereit halte.