Ich halte es für quasi ausgeschlossen, dass Du durch das Flashen der v2.0 irgend etwas kaputt machen kannst. Einzige Ausnahme: Interne Pullups bei Sensoren aktivieren, die nur 3,3V verkraften.
Es gibt bestimmt eine Menge Gründe, warum Du das Problem hast aber ein defektes Promini aufgrund der Software möchte ich nahezu ausschließen. Dass die v2.0 I²C-Fehler anzeigt, die mit der v1.8 z.B. noch nicht zu sehen waren, ist normal: Die Fehlertoleranz wurde erst mit der v1.9 entfernt. Das bedeutet nicht, dass die Fehler in früheren Versionen noch nicht da waren, sie wurden lediglich versteckt.
Vielleicht sollte erstmal klargestellt werden, wie Deine Sensoren angeschlossen sind. Wenn Du die Pullups auf dem Paris Board mittels der Lötjumper aktiviert hast, sollte das WMP alleine schon mal dran laufen. In den meisten Fällen läuft es an 3,3V sehr gut, doch ich habe schon ein WMP gehabt, das z.B. nur an 5V gut laufen wollte. Wenn Du zusätzlich ein BMA020 dran hast, müssen bei dem zwangsweise die Pullups deaktiviert werden. Das BMA hat zum einen mit 10K sehr hochohmige Pullup-Widerstände, die problematisch sind, zum anderen nutzt Du ja bereits die Pullups auf dem Paris-Board und zweimal Pullups geht gar nicht, zumal der Gesamtwiderstand dann noch geringer ist, als der kleinste Einzelwiderstand.