Ich weiß nicht ob ich dir folgen kann...
Aber mal so beschrieben, wie ich es machen würde:
1.: Arduino IDE öffnen, Chip-Typ/Board-Typ korrekt einstellen, dort den Sketch nach eigenem Ermessen bearbeiten/optimieren, was auch immer.
2.: In der Arduino IDE im Menü "Sketch" den Punkt "Kompilierte Binärdatei exportieren" wählen.
3.: Im Sketch-Verzeichnis landen jetzt die fertig kompilierten .hex-Dateien deines Sketchs, soweit ich weiß zwei Versionen (eine mit Bootloader, die andere ohne BL).
4.: Einer dieser Dateien (ich würde die ohne BL nehmen) extern auf das Modul schreiben - fertig.
Den Unterschied zwischen Sketch und binärer .hex-Datei hatte ich
schon mal in dem anderen Thread erklärt.