Hmm denke nicht, dass dies von der CPU kommt. Das schütteln oder so belastet das ding nicht mehr.. Die MPU wird immer mit x hz ausgelesen, egal was du machst. Wen dann verwirrst du eher die MPU was dann zu heftigen drifts führen kann, mehr sollte aber auch da nicht passieren.
Selbst die alte 8bit Atmels fü den Ardupilot schaffen das ohne zu murren und die haben massiv weniger CPU. Zudem sollte der Load bei einem Flieger deutlich unter dem eines Copters liegen, da auch die Ansteuerrate der Servos nur 50hz ist und nicht mind 490hz.
Bist du sicher, dass es nicht an der Stromversorgung liegt? Nutzt du zwei getrennte BECs für Servos und FC?