Hallo,
ich hatte einen ähnlichen Effekt bei i2c Ansteuerung!
Hier lag es aber an der Zykluszeit. Wenn diese so langsam wurde (6-8ms), fing er an das gleiche Fehlerbild wie bei dir zu zeigen (Sollwert springt ständig Richtung 0). Erst bei < 1-2ms lief er sauber ohne Probleme.
Eventuell gibt es bei PWM ähnliche Probleme, stell mal sonst auf eine höhere PWM Freq.
Gruß Gnu