Hi,
ja, Du musst den Arduino runterladen und in ein Verzeichnis Deiner Wahl packen.
Bei Ardupilot sind sehr viele Grundfunktionalitäten in libs ausgelagert. Die Libraries aus dem ArduPilot Code musst Du zu den Libraries des Arduino dazu kopieren. Dann gibt's auch keine Fehlermeldungen beim compilieren.
Anschließend mit dem Arduino den Code hochladen.
Oder aber das hex file sichern und den code mit dem mission planer hochladen.
Du kannst dann die Konfiguration entweder mit dem command line interface (CLI) oder mit dem mission planner vornehmen.
Die cruise speed kannst Du aber auch über den mission planner konfigurieren.
Allgemein muss ich sagen, dass am ArduPilot Mega code zur Zeit so viel gearbeitet wird, dass die Bugs, mit denen man gerade kämpft und die man sich irgendwie selbst über codemodifikationen raus gemacht hat, sehr bald auch offiziell von der community entfernt worden sein werden und dann hat's eine neue (Beta) Version. Wenn Du dann die neueste Version installieren willst ist es immer recht viel Arbeit für Dich, zu prüfen, welche Bugs sind raus gemacht und inwieweit ist Dein personalisierter code noch zur neuen Version kompatibel.
Ich würde mir die Arbeit sparen und an dem code nichts modifizieren - es sei denn, Du bewirbst Dich als Beta tester bei den DIY's und schlägst selbst bugfixes vor. Dann bist Du dort "vorne" mit dabei und Deine Arbeit an dem code macht Sinn.
Viele Grüße
Achim