So inzwischen habe ich alle Fehlerquellen, bis auf den Arduino selbst, ausgeschlossen. Sprich unterschiedliche FTDI (2), USB-Kabel (5), Rechner (4), Betriebssystem (Win 7 x32, Win 7 x64, 2x XP) und Treiberversionen ausgetestet.
Bin auch fündig geworden, dass wohl bei einer Serie auf den Arduino Pro Mini 328 durch Fehler in der Produktion fehlerhafte bzw. flasche Bootloader drauf gekommen sind, die diesen Fehler verursachen.